В 1892 г. А.С. Еленев приглашен на должность консерватора Красноярского городского музея. При этом он по-прежнему остается преподавателем Красноярской учительской семинарии, поскольку должность консерватора музея в те годы была еще неоплачиваемой.
А.С. Еленев был человеком разносторонних интересов. Наряду с официальной службой он нес огромную общественную нагрузку: был членом Императорского Московского археологического общества, Восточно-Сибирского отдела Русского географического общества, Енисейского православного миссионерского общества, Общества врачей Енисейской губернии, Статистического комитета. Все эти организации, как и коллекции, сданные в музей, свидетельствуют о чрезвычайно широких интересах исследователя. Прежде всего, это география, этнография, археология. Последней А.С. Еленев уделял больше всего внимания. Его археологические изыскания в первую очередь связаны с изучением пещер, которые он начал обследовать с 1885 г. За три года ему только в районе речки Бирюса удалось осмотреть 58 пещер. При этом в 42 из них он провел раскопки, а 13 раскопал полностью.
По завершении работ А.С. Еленев дает развернутые публикации найденных материалов, придя к выводу, что раскопанные им пещеры были обитаемы в железном веке. В каталоге обнаруженных находок оказалось немало выразительных изделий от типичных железных ножей и наконечников стрел до произведений искусства из бронзы и бересты в виде фигурок лошади и бронзовых бляшек-украшений. Эта интересная коллекция была представлена им на выставке Восьмого археологического съезда (1890 г.) и Всемирном конгрессе антропологов и археологов в Москве (1892 г.) Кроме того, интересная многослойная стоянка с культурными горизонтами всех эпох была раскопана А.С. Еленевым на приустьевом участке р. Бирюсы. Отдельные находки были обнаружены исследователем в Караулинских и Овсянских пещерах близ Красноярска, а также на стоянке в устье р. Базаихи.
Наряду с изучением древностей Енисея А.С. Еленев одним из первых организовал археологические разведки в Северном Приангарье. В 1891 г. со стоянок у д. Карапчанка, Пановское, Чадобец и с. Рыбного им были собраны и доставлены в музей коллекции каменных и костяных орудий эпохи неолита и палеометалла. В их составе топоры и тесла, наконечники стрел и копий, ножи и скребки, иглы и шилья, украшения. Кроме того, со стоянки Чадобец им были переданы в музей две бедренные кости скелета человека. В итоге А.С. Еленевым на Енисее и Ангаре было найдено и передано в фонды музея 4585 археологических предметов.
Таким образом, красноярский период деятельности А.С. Еленева оказался чрезвычайно плодотворным для исследователя. Он успешно проявил себя сразу в нескольких областях при изучении такого обширного региона как Енисейская губерния. Еленев был членом статистического комитета, который каждый год выпускал «Памятные книжки Енисейской губернии». В них печатались известия и статьи «всякого рода: относящиеся к местности», доставленные членами статистического комитета. Нашлось там место и для публикации археологических материалов А.С. Еленева с Бирюсы.
Еще одной общественной организацией в Красноярске, уделявшей большое внимание изучению родного края, было Общество врачей Енисейской губернии. 4 ноября 1889 г. А.С. Еленев на заседании этого общества делает доклад о Бирюсинских и Караулинских пещерах. Одна из Караулинских пещер, раскопанная сотрудниками Красноярского краевого краеведческого музея в конце XX в., названа в честь А.С. Еленева.
Многогранность А.С. Еленева проявилась еще и в организации его поездки 1890 г. в Туруханский край. Ее результаты были представлены на заседании Общества врачей Енисейской губернии 15 декабря 1891 г. – в докладе «Введение к медико-топографическому описанию Туруханского края». В ходе поездки А.С. Еленев произвел сборы географических и этнографических сведений, а также гербария. Последний, после определений, сделанных Н.М. Мартьяновым и А.И. Кытмановым, был передан в учительскую семинарию. В фонды Красноярского городского музея поступили предметы по тунгусской культуре. Сам исследователь отмечал, что экспедиция состоялась благодаря «содействию делу изучения нашего дорогого отечества и величайшей любезности высокочтимого нами Его Высокопреосвященства, Высокопреосвященейшего Тихона, бывшего Епископа Енисейского и Красноярского, а ныне Архиепископа Иркутского и Нерченского».
Помимо Туруханской экспедиции А.С. Еленев мог стать руководителем масштабной трехлетней экспедиции в Якутскую область, «Сибиряковской», которую в итоге возглавил Д.А. Клеменц. Такое предложение поступило А.С. Еленеву от Г.Н. Потанина, бывшего в тот период правителем дел ВСОРГО, что говорит о высоком авторитете А.С. Еленева в научных кругах.
Но новое назначение по службе прервало так удачно начатые научные изыскания исследователя. В конце 1892 г. А.С. Еленев перемещен наставником в Иркутскую учительскую семинарию, а оттуда с 1 июля 1893 г. на должность штатного учителя математики, физики и естествознания в Читинскую женскую гимназию. В 1897 г. он назначен уже директором Читинской мужской гимназии, оставаясь в женской гимназии председателем комитета по устройству пансиона. Награжден орденом Св. Станислава 2-й и 1-й степени и медалями.